Журнал «Атеротромбоз» основан в 2008 году Национальным обществом по атеросклерозу при поддержке Всероссийского научного общества кардиологов (ВНОК), Российского общества ангиологов и сосудистых хирургов и Национальной ассоциации по борьбе с инсультом (НАБИГ). Основной целью создания нового журнала являлось ознакомление врачей с новыми данными по изучению процессов атеротромбоза, информирование о разработке мер по контролю за его развитием, а также образовательная деятельность среди практикующих врачей и специалистов в конкретных областях. С момента основания Главным редактором журнала является профессор Н.А. Грацианский, заместителями проф. Е.П. Панченко и проф. И.С. Явелов.  В 2009 г. вышло два выпуска журнала, в 2008, 2010 и в 2012 гг. -  по одному выпуску. Первые рубрики: оригинальные статьи, в помощь практическому врачу, эхо атерошкол. С 2013 г. журнал стал издаваться OOO «ГРУППА РЕМЕДИУМ» и с тех пор выходит на регулярной основе периодичностью 2 раза в год. Появились новые рубрики журнала: венозные тромбозы и тромбоэмболии, острый коронарный синдром, контроль антитромботической терапии, клинический случай и многие другие. Помимо оригинальных и обзорных статей появились новые формы подачи материала, напр., слайд-комментарии, что сделало журнал более информативным для широкой врачебной аудитории. С декабря 2015 г. журнал включен в «Перечень рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы результаты диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата медицинских наук».